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瓊脂糖凝膠電泳的方法
  • 發(fā)布日期:2025-10-11      瀏覽次數(shù):192
    • 瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂或瓊脂糖作支持介質(zhì)的一種電泳方法。對(duì)于分子量較大的樣品,如大分子核酸、病毒等,一般可采用孔徑較大的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳分離。

      01、電泳方法

      一般的核酸檢測(cè)只需要瓊脂糖凝膠電泳就可以;

      如果需要分辨率高的電泳,特別是只有幾個(gè)bp的差別應(yīng)該選擇聚丙烯酰胺凝膠電泳;

      用普通電泳不合適的巨大DNA鏈應(yīng)該使用脈沖凝膠電泳。

      注意巨大的DNA鏈用普通電泳可能跑不出膠孔導(dǎo)致缺帶。

      02、凝膠濃度

      對(duì)于瓊脂糖凝膠電泳,濃度通常在0.5~2%之間,低濃度的用來(lái)進(jìn)行大片段核酸的電泳,高濃度的用來(lái)進(jìn)行小片段分析。

      低濃度膠易碎,小心操作和使用質(zhì)量好的瓊脂糖是解決辦法。

      注意高濃度的膠可能使分子大小相近的DNA帶不易分辨,造成條帶缺失現(xiàn)象。

      03、緩沖液

      常用的緩沖液有TAE和TBE,而TBE比TAE有著更好的緩沖能力。

      電泳時(shí)使用新制的緩沖液可以明顯提高電泳效果。

      注意電泳緩沖液多次使用后,離子強(qiáng)度降低,pH值上升,緩沖性能下降,可能使DNA電泳產(chǎn)生條帶模糊和不規(guī)則的DNA帶遷移的現(xiàn)象。

      04、電壓和溫度

      電泳時(shí)電場(chǎng)強(qiáng)度不應(yīng)該超過(guò)20V/cm,電泳溫度應(yīng)該低于30,對(duì)于巨大的DNA電泳,溫度應(yīng)該低于15。

      注意如果電泳時(shí)電壓和溫度過(guò)高,可能導(dǎo)致出現(xiàn)條帶模糊和不規(guī)則的DNA帶遷移的現(xiàn)象。

      特別是電壓太大可能導(dǎo)致小片段跑出膠而出現(xiàn)缺帶現(xiàn)象。

      05、DNA樣品的純度和狀態(tài)

      注意樣品中含鹽量太高和含雜質(zhì)蛋白均可以產(chǎn)生條帶模糊和條帶缺失的現(xiàn)象。

      乙醇沉淀可以去除多余的鹽,用酚可以去除蛋白。

      注意變性的DNA樣品可能導(dǎo)致條帶模糊和缺失,也可能出現(xiàn)不規(guī)則的DNA條帶遷移。

      在上樣前不要對(duì)DNA樣品加熱,用20mm NaCl緩沖液稀釋可以防止DNA變性。

      06、DNA的上樣

      正確的DNA上樣量是條帶清晰的保證。

      注意太多的DNA上樣量可能導(dǎo)致DNA帶型模糊,而太小的DNA上樣量則導(dǎo)致帶信號(hào)弱甚至缺失。

      07、Marker的選擇

      DNA電泳一定要使用DNA Marker或已知大小的正對(duì)照DNA來(lái)估計(jì)DNA片段大小。

      Marker應(yīng)該選擇在目標(biāo)片段大小附近ladder較密的,這樣對(duì)目標(biāo)片段大小的估計(jì)才比較準(zhǔn)確。

      需要注意的是Marker的電泳同樣也要符合DNA電泳的操作標(biāo)準(zhǔn)。

      如果選擇λDNA/HindIII或者λDNA/EcoRI的酶切Marker,需要預(yù)先65加熱5min,冰上冷卻后使用。

      從而避免HindIII或EcoRI酶切造成的粘性接頭導(dǎo)致的片段連接不規(guī)則或條帶信號(hào)弱等現(xiàn)象。

      08、凝膠的染色和觀察

      實(shí)驗(yàn)室常用的核酸染色劑是溴化乙錠(EB),染色效果好,操作方便,但是穩(wěn)定性差,具有毒性。

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